O distrito de São João do Rio Vermelho está localizado na região Norte do município, ocupa área de planície entre a cadeia de elevações, a lagoa da Conceição e a orla marítima.
O distrito de São João do Rio Vermelho originalmente constituiu núcleo pesqueiro e de pequenos agricultores. O distrito apresenta características que o diferenciam de outras regiões da Ilha. Fica junto ao mar e a lagoa, e ao mesmo tempo é separado do mar pelos campos extensos e pela praia. Separa-se do lado ocidental da ilha pela cadeia de morros, ficando a população local relativamente isolada da parte mais urbanizada do município. De um modo geral, o distrito tem forte identidade cultural e ambiental, que lhe confere características de um lugar único e especial dentro da Ilha de Santa Catarina.